Slovan ganó los primeros títulos en la liga eslovaca en las temporadas 1993/94, 1994/95 y 1995/96. Slovan regresó al trono de Eslovaquia en la temporada 1998/99. Las estrellas del equipo incluido el entrenador Stanislav Griga y Robert jugadores Tomaschek, Miroslav König, Stanislav Varga, Jančula Tibor, y Pecko Ladislav. Entre las estrellas del equipo estaban Peter Dubovský, Dušan Tittel, Ladislav Pecko, Vladimir Kinder, Miloš Glonek, Tomáš Stúpala y Alexander Vencel. Durante los próximos años el rendimiento del equipo decayo considerablemente al punto que fue relegado a un menor de la liga temporada 2003/04, donde pasó dos temporadas.
